抗战伊始，宋庆龄在医疗方面的援助，对中国共产党领导的抗日根据地非常重要。

支援新四军

新四军经费十分困难，医药费更为短缺，长期处于缺医少药的困境。初期，新四军医疗服务的核心是8位医生和几个熟练的护士，加上同情者捐助的X光检查器和一些手术器械，渐渐形成一个简陋的医疗系统。这还是长期无私奉献、精打细算、使有限的经费发挥最大效益所取得的成果。这些医院设在风吹雨打的破庙里。一块木板支起来就是病床，化验室位于茅屋中。没有瓶子，他们就把竹子掏空了用。他们动员锡匠，用原始的工具制造蒸馏器、保育箱、消毒器等。

1938年6月宋庆龄在香港创立保卫中国同盟后，新四军代表沈其震医生按周恩来、陈毅的指示，拿着史沫特莱的介绍信到香港找到宋庆龄，为新四军带回大量急需医药物资。年底，保盟上海分会刚成立就在短时间内募得10多万元法币，为新四军购买了5万套军装所需的布匹和一批药品，由上海各界民众慰劳团运送至新四军军部。1939年初，新四军又得到手术器械、药品、被服、食品、文化用品，特别是获得了名叫“白浪多息”的消炎药品，是当时世界上刚生产出的新药。当时新四军的医疗机构不仅供军队使用，也为所在地区的老百姓服务。据统计，1938年4月至1939年5月，仅新四军军医部的两个门诊室就治疗军民病人77000多人次。

1939年深秋，叶挺带着军医沈其震来到香港向宋庆龄寻求帮助。宋庆龄热情地设宴接待叶挺，对他说“你们需要什么，就拿什么，尽量多带些回去”。随即，保卫中国同盟工作人员开始帮助清点仓库、打点物资，将药物、衣服、鞋袜、奶粉等物资装了整整一船，运回皖南。宋庆龄还特别关心新四军女战士的特殊困难和特别需要，询问部队里结婚的女同志多不多，生了孩子怎么办等，并特地捐赠一批粉红色毯子，尤其受怀孕女战士欢迎的是包在毯子里的生孩子用的接生包，包括有小孩穿的衣服……更周到的是送来了大批奶粉，解决了产妇产后营养不良、母乳不足等问题。

建立医疗体系

抗战爆发不久，国际和平运动代表大会响应宋庆龄的呼吁，做出了援华决议案，其中包括在中国建立国际和平医院。宋庆龄根据实际情况，决定将国际和平医院设在陕甘宁边区。医院设立后面临各种困难：“麻醉剂严重缺乏，仅能用于主要手术；几乎在两年时间里，整个陕甘宁边区只有一枚脊椎穿刺针；缺乏眼耳鼻喉科器械，缺少一般外科设备；……为防止敌人进攻，唯一的一台X射线净水器安放在远离医院中心二十英里处；所有的脸盆都坏了，只得使用陶土器皿或煤油筒，没有高压消毒锅和任何消毒器具；西药早已用完，当地生产的中药药效有限”。国际和平医院“是国内政治封锁的牺牲品。它接收不到任何外来的物资，即使是接收汇款也相当困难。并且情况逐渐恶化”。保盟向世界介绍了国际和平医院开展工作的情况，并积极开展募捐支援。

1939年1月至1940年2月，保盟给国际和平医院、八路军、新四军、抗日军政大学、鲁迅艺术学院以及孤儿和难民等，共募款196536.54元港币。1940年2月12日，保盟中央委员会为帮助解决四所国际和平医院病员的伙食、衣服等问题，决定每月拨款各1500元，并订购大批棉背心、担架、绷带、药棉、纱布等，提供给西北医疗单位。1942年2月，宋庆龄将12000美元的捐款转给了根据地，并特别指明：由周恩来签收，然后转交国际和平医院。3月和4月，宋庆龄又汇出两笔款项，支援根据地的医疗和儿童保育工作。从8月到11月初，宋庆龄向抗日根据地提供了60000多美元的捐款。八路军制药厂全年开支中，保盟的捐款占12%以上。

除医药物资外，宋庆龄和保盟还提供了医疗技术人员和设备。如众所周知的白求恩、柯棣华及印度援华医疗队的爱德华、巴苏华，德国医生汉斯·米勒，保盟派驻延安的马海德大夫等。米勒从医学院毕业后，到香港与保盟、中共驻香港新华社办事处取得联系，再待机转赴中国内地。当时，整个边区的36个医院和医疗站里，连一整套外科器械也没有。米勒带去的一套外科器械，是几百万人的地区里仅有的一套完整器械。米勒大夫像他的病人一样，在困难时期，也因缺少药品而遭受斑疹伤寒和痢疾的折磨。

打破医药封锁

为了阻止国民党扣押募集的物资，宋庆龄常以“孙夫人”名义亲自在寄送的物品上签字，当时，很多珍贵的药品和医疗器材就是这样运送到内地的。在向八路军运送医药用品已经不可能的情况下，美国人约翰·福斯特被委任为重庆新组建的保盟中央司库。宋庆龄经常派他把募捐来的救济款送到驻重庆的八路军办事处，由他们转给国际和平医院，以保证这些钱全部用在华北的伤病员和必须救助的人身上。

在封锁时期，宋庆龄还得到中缅印联合战区指挥官史迪威的热情帮助和友好合作。那时，中国与外界的陆路通道只剩滇缅公路。史迪威经常帮助保盟用这条公路接运外来物资，并同意让从印度飞来的美国军用飞机，帮助保盟将药品及救济物资运往延安和解放区，甚至从他管辖的军用仓库里拔出一些药品和物资送给八路军和新四军。史迪威还下令改建军用飞机的舱门，以便帮助保盟运送大型X光机。这台X光机“是当时总人口已达九千万的解放区的第一台和仅有的—台”。根据考证，“其实当时陕北是有X光机的，不过都比较小，经常出现错误，容易引起误诊，给治疗带来诸多不便。共产党跟宋庆龄提及这一情况，她一直惦记在心上”。一旦有机会，就设法帮助解决这一大难题。

1943年，保盟在英美盟国的帮助下，经过宋庆龄和中共的顽强斗争，终于恢复了中断三年之久的对八路军、新四军的医疗物资援助。这年6月，保盟援助国际和平医院的一批物资，包括贵重的外科手术器械和磺胺药品，由八路军谈判代表护送，通过国民党关卡进入游击区。1944年，虽然开展大生产运动克服了衣食方面的困难，但缺医少药的困难仍然很严重，消炎用的磺胺药片十分珍贵，只有重伤员才能用。因而，从前方撤下来的伤病员经常得不到及时有效的治疗。正在这时，保盟的汽车载着各种药品和医疗器械陆续开来，不仅为医院解决了燃眉之急，还给前线转送了不少。曾在医院接受治疗的148名伤病员为表达自己的感激之情，在一块二尺多长的白绸子上联名给宋庆龄写了感谢信：“忠言数起，予爱国者以声援；医药频输，给抗战者以物助。秉持正义，四海同钦”。